Jedna z najdłuższych jaskiń w polskich Karpatach fliszowych. Ma ona długość 1254 m, zaś jej głębokość wynosi 28 m. Podejście z Szczyrku Biłej trwa około 1 godziny. Zwiedzanie trwa około 2 godzin.
Jaskinię tworzy sieć korytarzy umieszczonych na różnych poziomach.
Można w niej spotkać kilka gatunków nietoperzy (m.in. nocka dużego).
Jaskinia w Trzech Kopcach jest wpisana do rejestru pomników przyrody nieożywionej.